Landhevinga som fulgte etter den siste istid (for ca. 10 000 år siden), ga viktige forutsetninger for sjøfart og bosetting i Trøndelag. Da isen smeltet og den enorme vekten fra iskappen lettet, hevet landet seg – og fortsetter å heve, den dag i dag.

I bronsealderen 1700 – 500 f.Kr. hevet landet seg så mye at havnivået bare var 20 – 12 meter høyere enn i dag i Trøndelag. Storparten av det som i dag er Midtbyen i Trondheim ble tørt land i løpet av jernalderen og fram til vikingetiden i 1030.

Trondheim: Fra elvehavn til nytt land

Grunnleggelsen av Trondheim i 997, nært knyttet til naturhavnene på vestsiden av Nidelvas utløp, var et viktig utgangspunkt for byen som etterhvert skulle bli hovedsted for Midt-Norge. I de små grunne buktene kunne de flatbunnede vikingeskipene ankre opp, trygge for vær og vind. Skipakrok en bukt som trolig befant seg i området der Dronningens gates allmenning og Krambuveita nå ligger, ble den første kjente havnen i gamle Nidaros. 

De neste århundrene bidro elvehavna sterkt til økonomisk blomstring i Trondheim. Eksport av trelast, fisk og kobber på 1600-tallet ga store inntekter til kjøpmannsfamilier som drev handel etter kongelige privilegier. Etterhvert ble det også etablert brygger på Brattøra, mens det på Ilsvika ble anlagt landgang for å ta i mot passasjertrafikk fra skip som lå for anker utenfor Munkholmen.

I 1880-årene fikk Meråkerbanen sin endestasjon på Brattøra og byen fikk togforbindelse med Rørosbanen. Jernbanen effektiviserte varetransporten mellom havna og byens omland, og det ble behov for å utvide havneområdene. Gjennom omfattende mudring og utfyllinger ble dagens Brattøra skapt som et moderne, trafikalt knutepunkt, med kanalhavn og jernbaneanlegg. Dette grepet har hatt stor betydning for utviklinga av det moderne Trondheim.

I 1912 ble det utarbeidet en ny havneplan for Trondheim. Havnevesenet bygde Lade molo ut fra Pir II, og Kullkranpiren ble innrammet. Dette området, mellom Nidelva og Ladehammeren, fikk navnet Nyhavna. 

Under okkupasjonen ble Nyhavna et strategisk viktig område for tyskerne. Ubåtbunkrene Dora 1 og Dora 2 vitner den dag i dag om okkupasjonsmaktens ambisjoner for Drontheim. Nyhavna var hovedbase for 13. ubåtvåpen og skulle inngå i Atlanterhavsvollen, det tyske rikets forsvarsgrense mot vest, og fungere som Nord-Europas største ubåtstøttepunkt. I 1943 bombet amerikanske styrker Nyhavna med full kraft. Over 300 bomber falt over Nyhavna og området rundt. 35 tyskere og 8 norske sivile mistet livet under bombingen.

I etterkrigstiden begynte gjenoppbyggingen av havneområdene i Trondheim, og den gamle ubåtbasen ble tatt i bruk som lager- og kontorbygg. På midten av 1950-tallet ble også det som i dag kalles Havnelager B oppført av arkitekt Bjarne Borgersen. Havnelageret med tårn var i sin tid et av de mest moderne havneanleggene i Nord-Europa, med et samlet areal på 13.800 m2. Bygget er – som så mange andre bygg i havneområdene, vernet som kulturminne.

I 2006 etablerte Trondheim Havn det interkommunale havneselskapet Trondheimsfjorden Interkommunale Havn IKS, sammen med Orkdal og Stjørdal i 2006. I 2013 ble selskapet slått sammen med Indre Trondheimsfjord Interkommunalse havneselskap og er i dag et interkommunalt selskap med 14 eierkommuner i Trøndelag med høy aktivitet av gods- og turistskipstrafikk i de store by- og sentrumshavnene i regionen.

Orkdal: Et industrieventyr

Orkdal ble tidlig et gruve- og industrisamfunn sør for Trondheim. De rike mamgruvene fra Løkken verk var en viktig årsak til utbyggingen av den moderne infrastrukturen. I 1908 ble det etablert jernbaneforbindelse mellom Løkken Verk i Meldal og utskipingshavnen i industriområdet Thamshavn i Orkdal. Her lå smelteverk for svovelkis og har fått sitt navn etter forretningsmannen C.M. Thams (1867 – 1948) som grunnla Orkla Grube-Aktiebolag i 1904.

Thamshavnbanen var Norges første elektriske jernbane med både gods- post og persontrafikk og ble driftet fram til 1974.

Orkdal ble med i Trondheimsfjorden Interkommunale Havn IKS 2006.

Verdal: Historisk slagsted

Verdal er kanskje mest kjent for slaget på Stiklestad, derhelgenkongen Olac den hellige ble drept i 1030. Men bosetningen på Verdal skriver seg lengre tilbake i tid; tilbake til steinalderen, hvor geologiske spor bekrefter tidlig jordbruk i nedre deler av dalen.

Verdal har vokst fram som en viktig industrikommune i Trøndelag med verkstedsindustri, næringsmiddel- betong og trevareindustri.

I 2003 gikk Verdal havn inn i det interkommunale havneselskapet Indre Trondheimsfjord Havnevesen, sammen med Leksvik, Verran, Steinkjer, Inderøy, Levanger og Frostad.

Indre Trondheimsfjord Havnevesen ble i 2013 sammenslått med Trondheimsfjorden Interkommunale Havnevesen.

Namsos: Tømmerriket i nord

Namsos ble tidlig etablert ved Namsens utløp som handelssted for langveisreisende også fra Sverige. Tømmeret i Namdalen dannet grunnlag for en stor og rik sagbruksnæring og utskipingshavn.

Tidlig på 1920-tallet ble det laget store planer for et større utskipingsanlegg for kis på Tiendeholmen.

Namsosingene kjempet flere runder i lokalt og nasjonalt om jernbanetilknytning før jernbane ble etablert i 1933. Planen var å føre jernbanen ned til Tiendeholmen rundt Angelskjæret. Her skulle det også bygges en veg ut til anlegget. Det var kisen fra Skorovatn som skulle skipes ut her. 

Namsos havn ble med i Trondheim Havn IKS i 2016.